Бил основан во текот на 10 век од страна на Св. Јован Рилски. Манастирот бил уништен од пожар  во почетокот на 19 век, а повторно бил изграден помеѓу 1834 и 1862 година.

Рилскиот манастир има уникатна архитектура. Однадвор манастирот личи на тврдина. Има 24-метарски ѕидови од камен. Токму тоа е причината поради која посетителите се воодушевуваат кога влегуваат во манастирот преку една од двете врати.

Низ вековите Рилскиот манастир бил духовен, едукативен и културен центар на Бугарија.  Во 1961 година, манастирот бил прогласен како Национален музеј, а во 1983 година бил вклучен во листата на Светски културни богатства на УНЕСКО.

Манастирот исто така има своја библиотека која е богата со литературно творештво. Таму се наоѓаат голем број на важни бугарски записи – околу 250 ракописи од ХI-XIX век, 900 стари книги, ракописи итн.

Музејот кој е лоциран во манастирот  има богата колекција од историски експонати (35 000), богата колекција на икони, резби, културни и етнографски предмети.

Манастирот содржи уникатни уметнички дела, како што е крстот на Рафаил направен од дрво (81-43 сантиметри). Крстот наречен по неговиот творец Рафаил кој потрошил повеќе од 12 години за да ја комплетира неговата работа.

Рилскиот манастир е функционален манастир. Надвор има паркинг за коли, а исто така има достапно сместување во манастирот. Многу икони, албуми, картички, сувенири и традиционални буграски предмети се продаваат во манастирот и во околината на манастирот.