Се наоѓа на северниот дел на Баба планина и е трет по ред највисок планински врв во Македонија. Изобилува со разнообразни ретки ендемски видови на растенија и животни. Климата во Пелистер се одликува со кратки и свежи лета и долги и студени зими.

Специфично растение кое доминира во шумските дрвни видови е моликата, која воедно е и симбол на националниот парк Пелистер. Моликата расте само на неколку планини на Балканскиот полуостров и претставува петоигличест бор и е отпорна на големи студови и на ветер, а некои стебла се постари од 230 години.

Пелистер изобилува со бистри извори и планински реки во кои има пелистерска и пелагониска пастрмка.

Заштитен знак на националниот парк Пелистер се Големото Езеро и Малото Езеро, познати како Пелистерски очи. Големото езеро се наоѓа на надморска височина од 2218м и е едно од највисоките глацијални езера во Македонија, а Малото Езеро се наоѓа на 2180 надморска височина и е во изворишната челенка на Црвена Река. Постои народно предание за настанувањето на овие езера, каде се верува дека се создадени од солзите на две сестри кои непрекинато плачеле за едно момче.

Највпечатливи одлики на фауната на Пелистер е присуството на голем број ендемични видови, меѓу кои спаѓаат амфиподното ракче, кое живее во Големото езеро и виолинското ракче кое живее во Малото езеро.

Луѓето велат дека „кој еднаш бил на Пелистер, сигурно ќе дојде пак...“.